我单位将国内一生产厂家的货物运到保税区码头，能不能实行零税率？

不能；根据《国家税务总局关于发布<适用增值税零税率应税服务退（免）税管理办法>的公告》（国家税务总局公告2014年第11号）文件第三条规定，从境内载运旅客或货物至国内海关特殊监管区域及场所、从国内海关特殊监管区域及场所载运旅客或货物至国内其他地区或者国内海关特殊监管区域及场所，以及向国内海关特殊监管区域及场所内单位提供的研发服务、设计服务，不属于增值税零税率应税服务适用范围。所以你单位提供的该运输服务不属于增值税零税率应税服务适用范围，不实行零税率。